Rzepak magazynujemy w magazynach płaskich i silosach, przy czym długoterminowe przechowywanie nasion rzepaku odbywa się zazwyczaj w silosach. Do głównych czynników warunkujących bezpieczne składowanie nasion rzepaku zaliczamy: wilgotność nasion, temperaturę przechowywania, poziom zanieczyszczeń, kontakt z powietrzem i stopień uszkodzenia okrywy.

Wilgotność „bezpieczna” do przechowywania nasion uzależniona jest od poziomu zanieczyszczeń, ilości niedojrzałych nasion i ilości zielonych części roślin w składowanej masie. Polska norma to 7% wody w nasionach. W nasionach rzepaku ze względu na ich skład chemiczny może dochodzić w czasie przechowywania do niekontrolowanych reakcji chemicznych i psucia się nasion. Wzrost temperatury przechowywanej pryzmy rzepaku w wyniku samozagrzewania się może spowodować nieodwracalne szkody jakościowe i ilościowe w nasionach rzepaku. W takich pryzmach dochodzi do kiełkowania nasion, składniki tłuszczowe jełczeją, następuje wzrost liczby kwasowej i rozwój niekorzystnej mikroflory. Rzepak zaraz po zbiorze powinien być oczyszczony i dosuszony. Czyszczenie ziarna i dosuszanie winno być przeprowadzone przed jego magazynowaniem najlepiej zaraz po zbiorze. Proces czyszczenia i suszenia zaraz po zbiorze zapewnia zachowanie wysokiej jakości technologicznej nasion, bowiem wilgotność i zanieczyszczenia są główną przyczyną wzrostu intensywności procesów chemicznych, niekorzystnych reakcji chemicznych i rozwoju niekorzystnych mikroorganizmów. Proces suszenia nie może być za gwałtowny i zależy od tego, gdzie będą używane nasiona. Nasiona używane dla przetwórstwa suszymy w wyższych temperaturach, nasiona na siew w niższych. Warunkiem zachowania wysokich parametrów nasion rzepaku to jest zdolności i energii kiełkowania jest suszenie w temperaturze nie przekraczającej 43°C w odpowiedniej suszarni i przy zastosowaniu odpowiednich wentylatorów.

Dopuszczalne temperatury podczas suszenia nasion rzepaku.